Ultraconserved Genomic Regulatory Block: IRXA_cluster
(id = 436)

General information about the entry
Representative name:IRXA_cluster
Position:chr5:2112526-4805550
# UCNEs:31
Assiciated genes:C5orf38; IRX1; IRX2; IRX4; LOC285577; LOC340094;
Possible target genes:IRX1; IRX2; IRX4;
UCNEs forming the cluster:IRXA_Vivien_1; IRXA_Vivien_2; IRXA_Vincent; IRXA_Victor; IRXA_Veronica; IRXA_Vera; IRXA_Vanessa_1; IRXA_Vanessa_2; IRXA_Trevor; IRXA_Traviata; IRXA_Tatiana; IRXA_Tara; IRXA_Siddhartha_1; IRXA_Siddhartha_2; IRXA_Scott; IRXA_Scout; IRXA_Scheherazade; IRXA_Scarlett; IRXA_Santiago_1; IRXA_Santiago_2; IRXA_Ryan; IRXA_Ruby; IRXA_Mignon; IRXA_Eden; IRXA_Bryan; IRXA_Ava; IRXA_Arthur; IRXA_Aladdin; IRXA_Akiko_1; IRXA_Akiko_2; IRXA_Abraham;
Paralogous cluster(s):IRXB_cluster;

View cluster image
Conservation in chicken:
Chicken (galGal3): Position: chr2:88502274-90110193
Associated genes: IRX1; IRX2; IRX4; MIR1816;
Conservation in other species:
Mouse (mm10):
Subcluster #1

Position:
chr13:71053181-73117527
# UCNEs:31
UCNEs:IRXA_Vivien_1; IRXA_Vivien_2; IRXA_Vincent; IRXA_Victor; IRXA_Veronica; IRXA_Vera; IRXA_Vanessa_1; IRXA_Vanessa_2; IRXA_Trevor; IRXA_Traviata; IRXA_Tatiana; IRXA_Tara; IRXA_Siddhartha_1; IRXA_Siddhartha_2; IRXA_Scott; IRXA_Scout; IRXA_Scheherazade; IRXA_Scarlett; IRXA_Santiago_1; IRXA_Santiago_2; IRXA_Ryan; IRXA_Ruby; IRXA_Mignon; IRXA_Eden; IRXA_Bryan; IRXA_Ava; IRXA_Arthur; IRXA_Aladdin; IRXA_Akiko_1; IRXA_Akiko_2; IRXA_Abraham;
Opossum (monDom5):
Subcluster #1

Position:
chr3:93668365-96592833
# UCNEs:26
UCNEs:IRXA_Vivien_1; IRXA_Vivien_2; IRXA_Vincent; IRXA_Victor; IRXA_Veronica; IRXA_Vera; IRXA_Vanessa_1; IRXA_Vanessa_2; IRXA_Trevor; IRXA_Traviata; IRXA_Tatiana; IRXA_Tara; IRXA_Siddhartha_1; IRXA_Siddhartha_2; IRXA_Scott; IRXA_Scout; IRXA_Scheherazade; IRXA_Scarlett; IRXA_Santiago_1; IRXA_Santiago_2; IRXA_Ryan; IRXA_Ruby; IRXA_Mignon; IRXA_Eden; IRXA_Bryan; IRXA_Ava;
Subcluster #2

Position:
chr3:97406701-98196229
# UCNEs:5
UCNEs:IRXA_Arthur; IRXA_Aladdin; IRXA_Akiko_1; IRXA_Akiko_2; IRXA_Abraham;
Platypus (ornAna1):
Subcluster #1

Position:
chrX3:2931369-4830268
# UCNEs:31
UCNEs:IRXA_Vivien_1; IRXA_Vivien_2; IRXA_Vincent; IRXA_Victor; IRXA_Veronica; IRXA_Vera; IRXA_Vanessa_1; IRXA_Vanessa_2; IRXA_Trevor; IRXA_Traviata; IRXA_Tatiana; IRXA_Tara; IRXA_Siddhartha_1; IRXA_Siddhartha_2; IRXA_Scott; IRXA_Scout; IRXA_Scheherazade; IRXA_Scarlett; IRXA_Santiago_1; IRXA_Santiago_2; IRXA_Ryan; IRXA_Ruby; IRXA_Mignon; IRXA_Eden; IRXA_Bryan; IRXA_Ava; IRXA_Arthur; IRXA_Aladdin; IRXA_Akiko_1; IRXA_Akiko_2; IRXA_Abraham;
Zebra_finch (taeGut1):
Subcluster #1

Position:
chr2:91358687-92943849
# UCNEs:31
UCNEs:IRXA_Vivien_1; IRXA_Vivien_2; IRXA_Vincent; IRXA_Victor; IRXA_Veronica; IRXA_Vera; IRXA_Vanessa_1; IRXA_Vanessa_2; IRXA_Trevor; IRXA_Traviata; IRXA_Tatiana; IRXA_Tara; IRXA_Siddhartha_1; IRXA_Siddhartha_2; IRXA_Scott; IRXA_Scout; IRXA_Scheherazade; IRXA_Scarlett; IRXA_Santiago_1; IRXA_Santiago_2; IRXA_Ryan; IRXA_Ruby; IRXA_Mignon; IRXA_Eden; IRXA_Bryan; IRXA_Ava; IRXA_Arthur; IRXA_Aladdin; IRXA_Akiko_1; IRXA_Akiko_2; IRXA_Abraham;
Lizard (anoCar2):
Subcluster #1

Position:
chr4:68774926-68875232
# UCNEs:4
UCNEs:IRXA_Vivien_1; IRXA_Vivien_2; IRXA_Vincent; IRXA_Victor;
Subcluster #2

Position:
chrUn_AAWZ02039144:2296-2793
# UCNEs:2
UCNEs:IRXA_Vanessa_1; IRXA_Vanessa_2;
Subcluster #3

Position:
chrUn_GL343211:3060564-3060814
# UCNEs:1
UCNEs:IRXA_Abraham;
Subcluster #4

Position:
chrUn_GL343264:499538-499947
# UCNEs:1
UCNEs:IRXA_Aladdin;
Subcluster #5

Position:
chrUn_GL343292:103525-1616296
# UCNEs:22
UCNEs:IRXA_Vera; IRXA_Trevor; IRXA_Traviata; IRXA_Tatiana; IRXA_Tara; IRXA_Siddhartha_1; IRXA_Siddhartha_2; IRXA_Scott; IRXA_Scout; IRXA_Scheherazade; IRXA_Scarlett; IRXA_Santiago_1; IRXA_Santiago_2; IRXA_Ryan; IRXA_Ruby; IRXA_Mignon; IRXA_Eden; IRXA_Bryan; IRXA_Ava; IRXA_Arthur; IRXA_Akiko_1; IRXA_Akiko_2;
Subcluster #6

Position:
chrUn_GL344875:17209-17553
# UCNEs:1
UCNEs:IRXA_Veronica;
Painted_turtle (chrPic1):
Subcluster #1

Position:
JH584427:27515-1291978
# UCNEs:17
UCNEs:IRXA_Veronica; IRXA_Vera; IRXA_Vanessa_1; IRXA_Vanessa_2; IRXA_Trevor; IRXA_Traviata; IRXA_Tatiana; IRXA_Tara; IRXA_Siddhartha_1; IRXA_Siddhartha_2; IRXA_Scott; IRXA_Scout; IRXA_Scheherazade; IRXA_Scarlett; IRXA_Santiago_1; IRXA_Santiago_2; IRXA_Ryan;
Subcluster #2

Position:
JH584557:3030179-3030431
# UCNEs:1
UCNEs:IRXA_Mignon;
Subcluster #3

Position:
JH584562:1721270-1993510
# UCNEs:4
UCNEs:IRXA_Vivien_1; IRXA_Vivien_2; IRXA_Vincent; IRXA_Victor;
Subcluster #4

Position:
JH584823:1305601-2561765
# UCNEs:8
UCNEs:IRXA_Eden; IRXA_Bryan; IRXA_Ava; IRXA_Arthur; IRXA_Aladdin; IRXA_Akiko_1; IRXA_Akiko_2; IRXA_Abraham;
Xenopus (xenTro3):
Subcluster #1

Position:
GL172767:456444-1585294
# UCNEs:25
UCNEs:IRXA_Vera; IRXA_Vanessa_1; IRXA_Vanessa_2; IRXA_Trevor; IRXA_Traviata; IRXA_Tatiana; IRXA_Tara; IRXA_Siddhartha_1; IRXA_Siddhartha_2; IRXA_Scott; IRXA_Scout; IRXA_Scheherazade; IRXA_Scarlett; IRXA_Santiago_1; IRXA_Santiago_2; IRXA_Ruby; IRXA_Mignon; IRXA_Eden; IRXA_Bryan; IRXA_Ava; IRXA_Arthur; IRXA_Aladdin; IRXA_Akiko_1; IRXA_Akiko_2; IRXA_Abraham;
Subcluster #2

Position:
GL173480:202034-300229
# UCNEs:4
UCNEs:IRXA_Vivien_1; IRXA_Vivien_2; IRXA_Vincent; IRXA_Victor;
Subcluster #3

Position:
GL176591:5829-6109
# UCNEs:1
UCNEs:IRXA_Ryan;
Fugu (fr2):
Subcluster #1

Position:
chrUn:63811741-64084011
# UCNEs:25
UCNEs:IRXA_Vivien_1; IRXA_Vivien_2; IRXA_Vincent; IRXA_Victor; IRXA_Veronica; IRXA_Trevor; IRXA_Traviata; IRXA_Tatiana; IRXA_Tara; IRXA_Siddhartha_1; IRXA_Siddhartha_2; IRXA_Scott; IRXA_Scout; IRXA_Scheherazade; IRXA_Scarlett; IRXA_Santiago_1; IRXA_Santiago_2; IRXA_Ryan; IRXA_Ruby; IRXA_Mignon; IRXA_Eden; IRXA_Ava; IRXA_Aladdin; IRXA_Akiko_1; IRXA_Abraham;
Medaka (oryLat2):
Subcluster #1

Position:
chr16:6339229-6339409
# UCNEs:1
UCNEs:IRXA_Victor;
Subcluster #2

Position:
chr16:8470579-9004795
# UCNEs:23
UCNEs:IRXA_Vivien_1; IRXA_Vivien_2; IRXA_Vincent; IRXA_Victor; IRXA_Veronica; IRXA_Trevor; IRXA_Traviata; IRXA_Tatiana; IRXA_Tara; IRXA_Siddhartha_1; IRXA_Siddhartha_2; IRXA_Scott; IRXA_Scout; IRXA_Scheherazade; IRXA_Scarlett; IRXA_Santiago_1; IRXA_Santiago_2; IRXA_Ryan; IRXA_Ruby; IRXA_Mignon; IRXA_Ava; IRXA_Aladdin; IRXA_Abraham;
Subcluster #3

Position:
chr2:21080812-21081068
# UCNEs:1
UCNEs:IRXA_Akiko_1;
Stickleback (gasAcu1):
Subcluster #1

Position:
chrXX:6638786-6939470
# UCNEs:25
UCNEs:IRXA_Vivien_1; IRXA_Vivien_2; IRXA_Vincent; IRXA_Victor; IRXA_Veronica; IRXA_Vera; IRXA_Trevor; IRXA_Traviata; IRXA_Tatiana; IRXA_Tara; IRXA_Siddhartha_1; IRXA_Siddhartha_2; IRXA_Scott; IRXA_Scout; IRXA_Scheherazade; IRXA_Scarlett; IRXA_Santiago_1; IRXA_Santiago_2; IRXA_Ryan; IRXA_Ruby; IRXA_Mignon; IRXA_Ava; IRXA_Aladdin; IRXA_Akiko_1; IRXA_Abraham;
Tetraodon (tetNig2):
Subcluster #1

Position:
chr8:4409143-4620394
# UCNEs:19
UCNEs:IRXA_Vincent; IRXA_Victor; IRXA_Veronica; IRXA_Trevor; IRXA_Traviata; IRXA_Tatiana; IRXA_Tara; IRXA_Siddhartha_1; IRXA_Siddhartha_2; IRXA_Scott; IRXA_Scout; IRXA_Scheherazade; IRXA_Scarlett; IRXA_Santiago_1; IRXA_Santiago_2; IRXA_Ryan; IRXA_Eden; IRXA_Aladdin; IRXA_Abraham;
Zebrafish (danRer7):
Subcluster #1

Position:
chr16:429462-1090747
# UCNEs:22
UCNEs:IRXA_Vivien_1; IRXA_Vivien_2; IRXA_Vincent; IRXA_Victor; IRXA_Vera; IRXA_Vanessa_1; IRXA_Traviata; IRXA_Tatiana; IRXA_Tara; IRXA_Siddhartha_2; IRXA_Scott; IRXA_Scout; IRXA_Scheherazade; IRXA_Scarlett; IRXA_Santiago_1; IRXA_Ryan; IRXA_Ruby; IRXA_Mignon; IRXA_Ava; IRXA_Aladdin; IRXA_Akiko_1; IRXA_Abraham;