Ultraconserved Genomic Regulatory Block: HOXD_cluster
(id = 307)

General information about the entry
Representative name:HOXD_cluster
Position:chr2:175967909-178084536
# UCNEs:30
Assiciated genes:ATF2; ATP5G3; EVX2; HNRNPA3; HOXD-AS1; HOXD-AS2; HOXD1; HOXD10; HOXD11; HOXD12; HOXD13; HOXD3; HOXD4; HOXD8; HOXD9; KIAA1715; LOC375295; MIR10B; MIR1246; MIR4444-1; MIR933; MTX2;
Possible target genes:ATF2; EVX2; HOXD1; HOXD10; HOXD11; HOXD12; HOXD13; HOXD3; HOXD4; HOXD8; HOXD9;
UCNEs forming the cluster:HOXD_Aida; HOXD_Alice; HOXD_Beatrice; HOXD_Benjamin; HOXD_Boris; HOXD_Brooklyn; HOXD_Bryan; HOXD_Cassandra; HOXD_Clara; HOXD_Dominica; HOXD_Eduardo; HOXD_Elvira; HOXD_Evelyn; HOXD_Flora; HOXD_Harper; HOXD_Haruki; HOXD_Kaori; HOXD_Lucia; HOXD_Malcolm; HOXD_Maxwell; HOXD_Mustafa; HOXD_Noah; HOXD_Oskar; HOXD_Pandora; HOXD_Ruby; HOXD_Ryan; HOXD_Sam; HOXD_Scheherazade; HOXD_Trevor; HOXD_Ursula;
Paralogous cluster(s):HOXA_cluster; HOXB_cluster;

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Conservation in chicken:
Chicken (galGal3): Position: chr7:17817062-16932165
Associated genes: ATF2; MIR1713;
Conservation in other species:
Mouse (mm10):
Subcluster #1

Position:
chr2:73834549-75665799
# UCNEs:30
UCNEs:HOXD_Aida; HOXD_Alice; HOXD_Beatrice; HOXD_Benjamin; HOXD_Boris; HOXD_Brooklyn; HOXD_Bryan; HOXD_Cassandra; HOXD_Clara; HOXD_Dominica; HOXD_Eduardo; HOXD_Elvira; HOXD_Evelyn; HOXD_Flora; HOXD_Harper; HOXD_Haruki; HOXD_Kaori; HOXD_Lucia; HOXD_Malcolm; HOXD_Maxwell; HOXD_Mustafa; HOXD_Noah; HOXD_Oskar; HOXD_Pandora; HOXD_Ruby; HOXD_Ryan; HOXD_Sam; HOXD_Scheherazade; HOXD_Trevor; HOXD_Ursula;
Opossum (monDom5):
Subcluster #1

Position:
chr4:186199925-188850831
# UCNEs:29
UCNEs:HOXD_Aida; HOXD_Alice; HOXD_Beatrice; HOXD_Benjamin; HOXD_Boris; HOXD_Brooklyn; HOXD_Bryan; HOXD_Cassandra; HOXD_Clara; HOXD_Dominica; HOXD_Eduardo; HOXD_Elvira; HOXD_Evelyn; HOXD_Flora; HOXD_Harper; HOXD_Haruki; HOXD_Kaori; HOXD_Lucia; HOXD_Malcolm; HOXD_Maxwell; HOXD_Mustafa; HOXD_Noah; HOXD_Oskar; HOXD_Pandora; HOXD_Ruby; HOXD_Ryan; HOXD_Sam; HOXD_Scheherazade; HOXD_Trevor;
Subcluster #2

Position:
chrUn:83770317-83770737
# UCNEs:1
UCNEs:HOXD_Ursula;
Platypus (ornAna1):
Subcluster #1

Position:
Contig21569:2522-7976
# UCNEs:3
UCNEs:HOXD_Lucia; HOXD_Malcolm; HOXD_Maxwell;
Subcluster #2

Position:
Ultra514:14103946-15493519
# UCNEs:27
UCNEs:HOXD_Aida; HOXD_Alice; HOXD_Beatrice; HOXD_Benjamin; HOXD_Boris; HOXD_Brooklyn; HOXD_Bryan; HOXD_Cassandra; HOXD_Clara; HOXD_Dominica; HOXD_Eduardo; HOXD_Elvira; HOXD_Evelyn; HOXD_Flora; HOXD_Harper; HOXD_Haruki; HOXD_Kaori; HOXD_Mustafa; HOXD_Noah; HOXD_Oskar; HOXD_Pandora; HOXD_Ruby; HOXD_Ryan; HOXD_Sam; HOXD_Scheherazade; HOXD_Trevor; HOXD_Ursula;
Zebra_finch (taeGut1):
Subcluster #1

Position:
chr7:16611743-17546542
# UCNEs:30
UCNEs:HOXD_Aida; HOXD_Alice; HOXD_Beatrice; HOXD_Benjamin; HOXD_Boris; HOXD_Brooklyn; HOXD_Bryan; HOXD_Cassandra; HOXD_Clara; HOXD_Dominica; HOXD_Eduardo; HOXD_Elvira; HOXD_Evelyn; HOXD_Flora; HOXD_Harper; HOXD_Haruki; HOXD_Kaori; HOXD_Lucia; HOXD_Malcolm; HOXD_Maxwell; HOXD_Mustafa; HOXD_Noah; HOXD_Oskar; HOXD_Pandora; HOXD_Ruby; HOXD_Ryan; HOXD_Sam; HOXD_Scheherazade; HOXD_Trevor; HOXD_Ursula;
Lizard (anoCar2):
Subcluster #1

Position:
chrUn_AAWZ02036986:70-380
# UCNEs:1
UCNEs:HOXD_Elvira;
Subcluster #2

Position:
chrUn_GL343356:133061-1178286
# UCNEs:11
UCNEs:HOXD_Eduardo; HOXD_Evelyn; HOXD_Flora; HOXD_Harper; HOXD_Haruki; HOXD_Kaori; HOXD_Lucia; HOXD_Malcolm; HOXD_Maxwell; HOXD_Mustafa; HOXD_Noah;
Subcluster #3

Position:
chrUn_GL343377:6206-420622
# UCNEs:10
UCNEs:HOXD_Aida; HOXD_Alice; HOXD_Beatrice; HOXD_Benjamin; HOXD_Boris; HOXD_Brooklyn; HOXD_Bryan; HOXD_Cassandra; HOXD_Clara; HOXD_Dominica;
Subcluster #4

Position:
chrUn_GL343411:540377-803609
# UCNEs:7
UCNEs:HOXD_Pandora; HOXD_Ruby; HOXD_Ryan; HOXD_Sam; HOXD_Scheherazade; HOXD_Trevor; HOXD_Ursula;
Painted_turtle (chrPic1):
Subcluster #1

Position:
JH584617:93905-128816
# UCNEs:2
UCNEs:HOXD_Noah; HOXD_Pandora;
Subcluster #2

Position:
JH584712:1514342-2869731
# UCNEs:27
UCNEs:HOXD_Aida; HOXD_Alice; HOXD_Beatrice; HOXD_Benjamin; HOXD_Boris; HOXD_Brooklyn; HOXD_Bryan; HOXD_Cassandra; HOXD_Clara; HOXD_Dominica; HOXD_Eduardo; HOXD_Elvira; HOXD_Evelyn; HOXD_Flora; HOXD_Harper; HOXD_Haruki; HOXD_Kaori; HOXD_Lucia; HOXD_Maxwell; HOXD_Mustafa; HOXD_Oskar; HOXD_Ruby; HOXD_Ryan; HOXD_Sam; HOXD_Scheherazade; HOXD_Trevor; HOXD_Ursula;
Xenopus (xenTro3):
Subcluster #1

Position:
GL172799:39359-1177775
# UCNEs:29
UCNEs:HOXD_Aida; HOXD_Alice; HOXD_Beatrice; HOXD_Benjamin; HOXD_Boris; HOXD_Brooklyn; HOXD_Bryan; HOXD_Cassandra; HOXD_Clara; HOXD_Dominica; HOXD_Eduardo; HOXD_Elvira; HOXD_Evelyn; HOXD_Flora; HOXD_Harper; HOXD_Haruki; HOXD_Kaori; HOXD_Lucia; HOXD_Malcolm; HOXD_Maxwell; HOXD_Mustafa; HOXD_Oskar; HOXD_Pandora; HOXD_Ruby; HOXD_Ryan; HOXD_Sam; HOXD_Scheherazade; HOXD_Trevor; HOXD_Ursula;
Fugu (fr2):
Subcluster #1

Position:
chrUn:173151841-173362205
# UCNEs:23
UCNEs:HOXD_Aida; HOXD_Alice; HOXD_Beatrice; HOXD_Benjamin; HOXD_Bryan; HOXD_Cassandra; HOXD_Clara; HOXD_Dominica; HOXD_Eduardo; HOXD_Elvira; HOXD_Evelyn; HOXD_Flora; HOXD_Harper; HOXD_Haruki; HOXD_Kaori; HOXD_Lucia; HOXD_Malcolm; HOXD_Maxwell; HOXD_Noah; HOXD_Ruby; HOXD_Sam; HOXD_Scheherazade; HOXD_Ursula;
Subcluster #2

Position:
chrUn:396754384-396754569
# UCNEs:1
UCNEs:HOXD_Evelyn;
Medaka (oryLat2):
Subcluster #1

Position:
chr21:24427788-24754807
# UCNEs:18
UCNEs:HOXD_Aida; HOXD_Alice; HOXD_Beatrice; HOXD_Benjamin; HOXD_Bryan; HOXD_Cassandra; HOXD_Clara; HOXD_Dominica; HOXD_Eduardo; HOXD_Elvira; HOXD_Evelyn; HOXD_Flora; HOXD_Harper; HOXD_Haruki; HOXD_Noah; HOXD_Ruby; HOXD_Scheherazade; HOXD_Ursula;
Subcluster #2

Position:
scaffold4918:1736-4475
# UCNEs:3
UCNEs:HOXD_Lucia; HOXD_Malcolm; HOXD_Maxwell;
Stickleback (gasAcu1):
Subcluster #1

Position:
chrXVI:9703640-9940941
# UCNEs:23
UCNEs:HOXD_Aida; HOXD_Alice; HOXD_Beatrice; HOXD_Benjamin; HOXD_Bryan; HOXD_Cassandra; HOXD_Clara; HOXD_Dominica; HOXD_Eduardo; HOXD_Elvira; HOXD_Evelyn; HOXD_Flora; HOXD_Harper; HOXD_Haruki; HOXD_Kaori; HOXD_Lucia; HOXD_Malcolm; HOXD_Maxwell; HOXD_Noah; HOXD_Ruby; HOXD_Sam; HOXD_Scheherazade; HOXD_Ursula;
Tetraodon (tetNig2):
Subcluster #1

Position:
chr2:13337409-13545256
# UCNEs:22
UCNEs:HOXD_Aida; HOXD_Alice; HOXD_Beatrice; HOXD_Benjamin; HOXD_Bryan; HOXD_Cassandra; HOXD_Clara; HOXD_Dominica; HOXD_Eduardo; HOXD_Elvira; HOXD_Evelyn; HOXD_Flora; HOXD_Harper; HOXD_Haruki; HOXD_Kaori; HOXD_Lucia; HOXD_Malcolm; HOXD_Maxwell; HOXD_Noah; HOXD_Ruby; HOXD_Scheherazade; HOXD_Ursula;
Subcluster #2

Position:
chr21:2992265-2992348
# UCNEs:1
UCNEs:HOXD_Malcolm;
Subcluster #3

Position:
chrUn_random:99235004-99235180
# UCNEs:1
UCNEs:HOXD_Beatrice;
Zebrafish (danRer7):
Subcluster #1

Position:
chr19:19182341-19182425
# UCNEs:1
UCNEs:HOXD_Malcolm;
Subcluster #2

Position:
chr9:1732069-2355236
# UCNEs:19
UCNEs:HOXD_Aida; HOXD_Alice; HOXD_Benjamin; HOXD_Cassandra; HOXD_Clara; HOXD_Dominica; HOXD_Eduardo; HOXD_Elvira; HOXD_Evelyn; HOXD_Flora; HOXD_Harper; HOXD_Haruki; HOXD_Kaori; HOXD_Lucia; HOXD_Malcolm; HOXD_Maxwell; HOXD_Mustafa; HOXD_Ruby; HOXD_Scheherazade;